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1.科學和神學的關係:科學盡頭是否是神學,科學和神學是對立還是統一,這是一個價值取向的問題,即便學者之間也説法不一致,我無法給你答案。
2.但是歷史上科學和神學(或者世俗的宗教)的關係是很密切的,正如你説的文藝復興的中心是梵蒂岡。兩者的分野是逐步形成並形成目前這種局面,並且由於一種英雄主義敍事,導致了人們認為當時宗教在壓迫科學。這一過程極其複雜,我無法在簡短回覆中給出完整答案,可以參閲《科學與宗教的領地》(商務印書館,2016)等書,並翻閲一些關於哥白尼革命、牛頓的最新科學史著作,哪怕自傳(但得是學術自傳而非中國常見的科普性質的自傳)也能加深你的認識。我只能説牛頓不是晚年相信玄學(這裏玄學的説法也是錯誤的,我在其他回答中已經説明了玄學是什麼),他研究自然哲學的目的就是為了讀懂上帝,而自然之書是理解上帝最好的形式。只不過他的觀點和當時主流的三位一體觀點不太一致,實際上早期所有今天的我們推崇的科學家都是宗教徒,並對宗教堅信不疑,只不過可能觀點和主流觀點不太一樣,比如哥白尼、布魯諾、第谷、開爾文等等。而對牛頓的形象也是有一個演變的過程的:當時由於牛頓極富盛名,“上帝説要有光,於是牛頓誕生了”,而牛頓又是終身未婚的,於是他的這種禁慾性質和聖子合二為一,至今仍是科學家純潔的象徵(比如不諳世事,不通人情,不追求名利);到19、20世紀,科學的作用經過工業革命和一二戰得以凸顯,牛頓變成了科學的化身、進步的象徵,他晚年的鍊金術手稿被刻意隱藏,以免玷污其科學形象;直到20世紀,隨着科學史學科建立和發展,人們對科學的認識逐步加深,認識到其研究鍊金術和研究自然哲學的目的是一樣的,對他的認識才重新回到了歷史本身。那麼教會中心自然也有研究自然的教徒,因為了解自然是瞭解上帝最好的途徑,但不是今天我們理解意義上的科學研究室和科學家,而是自然哲學家和自然神學家等等。
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